সিন্থেটিক পেপটাইড এবং রিকম্বিনেন্ট প্রোটিন আলাদাভাবে অ্যান্টিজেন হিসেবে কাজ করে

যদি অ্যান্টিবডি তৈরির উদ্দেশ্য শুধুমাত্র ডব্লিউবি সনাক্তকরণের জন্য হয়, তবে অ্যান্টিজেন হিসাবে সিন্থেটিক ছোট পেপটাইড ব্যবহার করা লাভজনক এবং দ্রুত, তবে পেপটাইড সেগমেন্টের অনুপযুক্ত নির্বাচনের কারণে দুর্বল ইমিউনোজেনিসিটি বা অ-পুনরুদ্ধারের ঝুঁকি রয়েছে।যেহেতু অ্যান্টিবডি তৈরির জন্য দীর্ঘ সময়ের প্রয়োজন হয়, তাই পরীক্ষার সাফল্যের হার নিশ্চিত করতে পলিপেপটাইড অ্যান্টিজেন ব্যবহার করে অ্যান্টিবডি তৈরি করতে প্রায়শই দুই বা তিনটি ভিন্ন পেপটাইড সেগমেন্ট নির্বাচন করা হয়।

ইমিউনাইজেশনের জন্য পলিপেপটাইড অ্যান্টিজেনের বিশুদ্ধতা 80% এর বেশি হওয়া প্রয়োজন।যদিও একটি উচ্চতর বিশুদ্ধতা তাত্ত্বিকভাবে ভাল নির্দিষ্টতার সাথে অ্যান্টিবডি পেতে পারে, বাস্তবে, প্রাণীরা সর্বদা প্রচুর পরিমাণে অ-নির্দিষ্ট অ্যান্টিবডি তৈরি করে, এইভাবে অ্যান্টিজেন বিশুদ্ধতার সুবিধাগুলিকে মুখোশ করে।

উপরন্তু, ছোট পেপটাইড থেকে অ্যান্টিবডি তৈরির জন্য উপযুক্ত বাহক অ্যান্টিজেনের সাথে ক্রস-লিঙ্ক করা আবশ্যক যাতে এর ইমিউনোজেনিসিটি বাড়ানো যায়।দুটি সাধারণ অ্যান্টিজেনিক বাহক হল KLH এবং BSA।